L'icône, comme toute chose, n'est pas née du néant. Certains historiens de l'art iconographique prêtent aux icônes orthodoxes une origine qui remonterait jusqu'aux célèbres portraits de Fayoum, représentations funéraires d'une vigueur exceptionnelle, attribués à des peintres grecs, datant pour la plupart du 1er et 2e siècle de notre ère, et miraculeusement conservés jusque-là grâce au climat sec des zones ensablées d'Égypte. Chez les chrétiens, la légende de St Luc donne une naissance officielle à l'art des icônes de la Vierge Marie, portraits exécutés d'après nature. D'autres experts situent plus volontiers cette origine aux premières fresques de l'art dit "juif" ou aux fresques des synagogues plus précisément. Malgré une interdiction formelle quant aux représentations imagées du Dieu unique, on note cependant que les premières images christiques viennent de cette période (3e siècle apr. J.-C.). Ces fresques, véritables livres de scènes bibliques, ornementaient des pans entiers dans les synagogues du monde judaïque. Vraisemblablement, ce serait au cours de la transition vers le christianisme que les peuples juifs nouvellement convertis auraient décidé de faire de cet art de la fresque biblique, un art mobile, le volant aux murs, en quelque sorte, pour le plaquer ensuite sur des supports transportables, notamment des plaquettes de bois ou des poteries d'huiles saintes.
Quelques siècles plus tard les modèles byzantins deviendront la référence de la peinture d'icônes ; des canons stricts furent édictés au cours des premiers conciles de l'Eglise et s'appliquèrent à toutes les formes d'art sacré.

Ces nouveaux chrétiens voyagèrent ensuite et immigrèrent dans plusieurs contrées du monde, amenant avec eux leur science de la fresque qu'ils reproduisirent à petite échelle. Ainsi serait née l'icône, miniaturisation de scènes bibliques et talisman protecteur pour ces croyants nomades et bien souvent persécutés.

On retiendra deux courants majeurs de cet art byzantin : les ateliers impériaux et les ateliers monastiques. De ces deux tendances naîtront de nombreuses écoles, notamment l'école arabe d'Alep et les nombreuses écoles russes, dont celle de Moscou et de Novgorod.

On reproche souvent aux spécialistes des arts de ne voir dans l'iconographie orthodoxe que des considérations esthétiques ou archéologiques. Or il s'agit d'un art de transmission pour les croyants orthodoxes. Non seulement un art de la transmission de la vie dogmatique et spirituelle de son Église, mais aussi un art qui représente le peuple de ses croyants à travers les époques, les régions, les mœurs, les contextes socio-politiques, bref à travers leur histoire. C'est pourquoi une icône byzantine racontera une histoire différente d'une icône russe, c'est pourquoi une icône de l'école de Moscou révélera complètement autre chose qu'une icône de l'école de Novgorod.

Pour de nombreux théologiens du culte, cet art sacré dépasse largement la simple incarnation de Dieu, de Jésus le Christ, de la vierge Marie, de l'Esprit Saint ; il s'agit d'une révélation qui vit bien au-delà des limites du temps. L'icône occupe donc une place d'importance dans l'Église orthodoxe : elle est le symbole d'une foi vivante qui traverse les époques chargée de son message divin.

Pour les profanes, l'iconographie orthodoxe est davantage une richesse culturelle et historique, il est vrai. Elle témoigne d'une culture exceptionnelle et renseigne les différents experts et chercheurs sur l'évolution des peuples orthodoxes ; ce sont des cartes identitaires d'une valeur inestimable, en plus de représenter un caractère artistique des plus admirables. Elle nous informe sur les mouvements de la foi, sur les divisions et les rapprochements dogmatiques, sur la vie et les mœurs des nombreux croyants, etc. Sa disposition même dans les églises et les cathédrales est le reflet d'une hiérarchie qui élève l'homme vers le divin. Peinte sur différents types de bois, particulièrement le tilleul, et souvent exposée sur trois rangées que l'on nomme registres, les icônes forment un discours, un enseignement, un historique. On retrouve sur le registre du bas les icônes des notables ou de personnages de la vie quotidienne. Sur la rangée du centre, aussi appelée Déesis, on peut admirer les icônes représentant Dieu, Jésus, la Vierge, le Saint-Esprit ou les saints. Enfin, le registre du haut se consacre aux icônes célébrant les fêtes ou les événements importants de l'histoire biblique : l'Annonciation, le baptême de Jean, la Crucifixion, la Résurrection, etc.